Texによる文書作成19 ～chemmacrosパッケージ

前回はLaTeXのmhchemパッケージをロードして利用する方法を紹介したが、今回はchemmacrosパッケージについて紹介する。

atatat.hatenablog.com

1. chemmacros
2. 基本コマンド
3. 化学反応などの図
4. まとめ

1. chemmacros

chemmacrosはmhchemと同じく化学に関するが文書の記述のためのマクロで、化学反応の記述もできるが主に化学物質名などの一部ラテン表記にするなどに便利なパッケージになっている。公式サイトはCTAN: Package chemmacrosでマニュアル(pdf)は

https://ftp.yz.yamagata-u.ac.jp/pub/CTAN/macros/latex/contrib/chemmacros/chemmacros-manual.pdf

chemmacrosを使用するには\usepackage{chemmacros}とするが、合わせてupgreekパッケージをロードすると\usepackage{upgreek}chemmacrosの一部の機能の警告を防ぐことができる。 \chemsetup{ modules = all }とするとchemmacrosのすべての機能を利用することができる。準備としては以下をプリアンブル領域に記述する。

\usepackage{chemmacros}
\usepackage{upgreek}
\chemsetup{ modules = all }

2. 基本コマンド

pHや電離平衡定数などの表記のためのコマンドが用意されている。

酸解離定数に関する表記：
\pH, \pOH, \Ka, \Kb, \Kw

帯電に関する表記：
A\pch\ B\mch[3] C\fpch[2] D\fmch

IUPAC 命名法で表記される化合物名称を表示するには\iupac{化合物名}とする。以下に使用例を示す。

IUPACコマンド：

\iupac{Tetra|cyclo[2.2.2.1^{1,4}]-un|decane-2-dodecyl-5-(hepta|decyl|iso|dodecyl|thio|ester)}

\iupac{\nitrogen-methyl|benz|amide}

\iupac{\oxygen-ethyl hexanethioate}

\iupac{bis(\hapto{5}cyclo|penta|dienyl)iron}

\iupac{tetra-\bridge{3}iodido-tetrakis[tri|methyl|platinum(IV)]}

iupacコマンドを使用する場合としない場合を比較する。iupacを使用しない場合、ギリシャ文字はインライン数式モードを使用する。

\iupac{5\chemalpha-androstan-3\chembeta-ol}\par
5$\alpha$-androstan-3$\beta$-ol

D,L体、オルト、メタ、パラなど配置に関する接頭語のためのコマンド

配置に関するコマンド：
\dexter, \laevus, \cis, \trans ,  \fac, \mer, \ter,\zusammen, \entgegen, \syn, \anti, \tert,\ortho, \meta, \para
\Rconf[R], \Sconf[S]

ラテン語表記のコマンドでプリセット以外は\NewChemLatin\command{表記} とすることで新しいコマンドを定義できる。

Latin表記：\insitu, \invacuo, \abinitio, 

Latin表記の定義:\NewChemLatin\invivo{in vivo} \invivo, \NewChemLatin\invitro{in vitro} \invitro, \NewChemLatin\etal{et al.} \etal

同位体、化学要素の他NMRや熱力学

Isotope: \isotope{C}, \isotope{14,C}

化学要素: \el,\prt,\ntr,\Hyd,\Oxo,\water,\El,\Nuc,\ba

NMR: \NMR, \NMR{13,C}, \NMR(4e8,\hertz)

熱力学: \enthalpy{123},  \entropy{123}, \gibbs{123}

3. 化学反応などの図

chemmacrosでも化学反応を表記することができる。以下document中に

\chemsetup[chemformula]{format=\sffamily}

として、\ch{反応式}とすることで化学反応式を表記できる。

\ch{C\sld{} + 2 H2O\lqd{} -> CO2\gas{} + 2 H2\gas}

\newman{}を用いるとニューマン投影図を表示することができる。

\newman{1,2,3,4,5,6} \newman{1,2,3} \newman{,,,4,5,6}

少し複雑だが、化学反応式を修飾することもできる。

\vspace{7mm}
\ch{ 2 "\OX{o1,Na}" + "\OX{r1,Cl}" {}2 ->2 "\OX{o2,Na}" {}+ + 2 "\OX{r2,Cl}" {}-}
\redox(o1,o2)[draw=red]{\small OX: $- 2\el$}
\redox(r1,r2)[draw=blue][-1]{\small RED: $+ 2\el$}
\vspace{7mm}